La peur irrationnelle qui caractérise les phobies peut avoir été conditionnée chez un individu sans que celui-ci n’ait de souvenirs conscients qui lui soit associé. Une explication qui a été avancée pour rendre compte de ce phénomène est le fait que les circuits de l’amygdale deviennent matures avant les circuits de l’hippocampe qui sont responsables de la mémoire consciente. La mémoire émotive implicite pourrait alors s’implanter sans qu’aucun souvenir explicite ne lui soit associé.

Les circuits de l’amygdale reçoivent de l’information sur l’état de fonctionnement des différents organes internes qu’il pourrait mettre en relation entre eux en amplifiant l’action du système nerveux sympathique par ses voies efférentes. Cette activation du système nerveux sympathique serait perçue consciemment par la personne qui se souviendrait alors, grâce à sa mémoire explicite, que ces symptômes sont ceux qui débutent une attaque de panique. Sachant qu’il s’apprête à en vivre une, son angoisse augmenterait, enclenchant ainsi le cercle vicieux de l’attaque de panique.

Il semble que les troubles obsessionnels-compulsifs (TOCs) soient liés à une défectuosité d’un circuit de neurones allant du lobe frontal aux noyaux gris centraux, puis au thalamus et finalement retournant au lobe frontal. Cette défectuosité pourrait être liée à une cause génétique, ou encore à des facteurs immunologiques, comme le suggère parfois l’apparition de TOCs après une infection aux streptocoques.